Ứng dụng phương pháp phả hệ phân tử để định danh mẫu nấm Cordyceps ninchukispora thu thập ở LangBiang, Đà Lạt, Lâm Đồng

Abstract

Nhóm nghiên cứu của Trường Đại học Đà Lạt thuộc tỉnh Lâm Đồng, Việt Nam đã thu thập được mẫu nấm ký sinh từ dãy núi Lang Biang trong chuyến giám sát của nhóm, xác định hình thái ban đầu của loài này là Cordyceps ninchukispora có vật chủ là Beilschmiedia erythrophloia Hay. DNA đã được chiết tách bằng phương pháp Phenol/Chloroform (pH = 8), sau đó tiến hành thành PCR và giải trình tự của các vùng gen mục tiêu bao gồm ITS, nrSSU, nrLSU, Tef, Rpb1. Tạo cây phát sinh phân tử bằng việc sử dụng các phương pháp Neighbor joining, Maximum likelihood và Maximum parsimony nhằm xác định mối quan hệ giữa Cordyceps ninchukispora và các trình tự tham chiếu. Chúng tôi đã khuếch đại được các vùng gen mục tiêu, đồng thời tiến hành giải trình tự và đã xây dựng một bộ dữ liệu bao gồm 51, 51, 47, 35 và 51 trình tự của ITS, nrSSU, nrLSU, Tef, Rpb1. Các trình tự này đại diện cho nhiều chi thuộc các họ Ophiocordycipitaceae, Clavicipitaceae, Cordycipitaceae và 02 trình tự thuộc họ Glomerellaceae. Kết quả phân tích phát sinh phân tử đã xác định rằng mẫu nấm thu thập thuộc về chi Cordyceps và tạo thành đơn nhóm huyết thống (monophyletic group) với loài tham chiếu Cordyceps ninchukispora, với giá trị bootstrap được hỗ trợ cao. Tóm lại, đánh giá phát sinh loài dựa trên bộ dữ liệu đa gen đã hỗ trợ mạnh mẽ cho việc xác định mẫu thu thập được là Cordyceps ninchukispora.